El intestino delgado se divide en dos partes, el duodeno y el íleon, que están conectadas por el yeyuno. El duodeno, adyacente al estómago, es ligeramente ácido y su microbiota normal es similar a la del estómago. Desde el duodeno al íleon, el pH se vuelve progresivamente menos ácido, y aumenta el número de bacterias. En el íleon inferior, son habituales los recuentos celulares de 105 a 107 por gramo de contenido intestinal, pese a que el ambiente se vuelve progresivamente anóxico. En esta parte del tracto intestinal se hallan normalmente bacterias anaerobias fusiformes fijadas a la pared intestinal por uno de sus extremos.
El íleon conecta con el ciego, la primera parte del intestino grueso, y el colon completa el intestino grueso. En el colon, las bacterias están presentes en grandes cantidades,
y esta región puede considerarse como un recipiente de fermentación en la que viven numerosas bacterias que utilizan los nutrientes derivados de la digestión de los alimentos (Tabla 28.1). Los aerobios facultativos como Escherichia coli se encuentran en cantidades más pequeñas que el resto de bacterias, y los recuentos totales de aerobios facultativos suelen ser inferiores a 107 por gramo de contenido intestinal. Los aerobios facultativos consumen todo el oxígeno presente, y convierten así el intestino grueso en un ambiente estrictamente anóxico que favorece el crecimiento de anaerobios obligados.
ACTINOBACTERIAS 